1、起存门槛高
银行大额存单的最低起存门槛是20万元人民币，甚至有的银行规定是30万元甚至50万元才能起存，门槛相对来说算是高的，将很多资金较少的投资者拒之门外。而某些理财产品或者存款，几十、几百、几千就能购买。
2、流动性较差
大额存单是有一定的存款期限的，包括1个月、3个月、6个月、9个月、1年、18个月、2年、3年、5年这九个品种。并且如果用户提前支取的话，就会按照支取日银行挂牌的活期利率计息，损失多部分利息收益。相比于活期存款或者某些理财产品来说，流动性较差。
3、可能亏损
大额存单是保本保收的，亏损的风险主要来自银行，比如说可能倒闭等等。由于大额存单的金额是较多的，都是几十万打底，如果用户在某一家银行的存款超过50万元的话，那么所承担的风险就会更大。根据相关规定，一家银行的最高赔付金额是50万元，超过该金额不在保障范围之内，如果银行倒闭的话，超出部分可能就会亏损。